SubversionのリポジトリのファイルシステムをBerkeleyDBにしていると、かなりの確率で壊れます。たいていの場合、svnadmin recoveryで直りますが、根本的な対処としてはBerkeleyDBを使わないようにしましょう。で、運悪く既に使っている場合の、移行方法です。
svnadmin dump /home/svn/myrep > myrep.dmp svnadmin create --fs-type fsfs /home/svn/myrep_fsfs svnadmin load /home/svn/myrep_fsfs/ < myrep.dmp rm -rf myrep mv myrep_fsfs/ myrep
#新しいリポジトリ作ってダンプからインポートして名前を変えているだけです。