iPhoneアプリやiPadアプリの開発でXcode使っていて、大幅にソースの改廃やディレクトリの改変をすると、WarningでMissing fileが出る時があります。これは何かというと、svnやgitの管理ファイル上に残っているのが問題のようです。
解決方法については色々議論されていますが、XCodeからではなくコンソールから消してしまう方が簡単じゃないかという結論のようです。
だいぶ改善されたとはいえ、どうもXCodeとソース管理の連携はイマイチな部分が残っていますね。
SVNの場合
svn delete missingFile
Gitの場合
git rm missingFile
参考：
Missing file warnings showing up after upgrade to XCode 4
